سير تاريخی قم در اين دوران در دنباله سير دوران صفويه است با اين تفاوت که ترکيب جمعيتی شهر به هم می خورد. توجه شاهان قاجاری و به خصوص توجه فتحعلی شاه به قم باعث رونق دوباره شهر قم شد و مقدمه ای شد برای ورود قم به دوران معاصر. بنای آثار خيريه و توجه به حوزه علميه و هم چنين وجود علمای برجسته زمينه تاسيس حوزه عمليه را به وجود آورد. اهميت قم در اين دوران به حدی بود که فردی مثل فتحعلی شاه از ميرزای قمی در موارد متعدد کسب تکليف می کند. وجود علمای بزرگ هم چنين باعث رونق مراسم و شعائر مذهبی بوده است به گونه ای که مهم ترين مجالس وعظ درمسجد جمعه برگذار می شده است. در دوره فتحعلی شاه نماز جماعت پر شکوه ميرزای قمی و در دوره ناصر الدين شاه نماز جماعت سيد جواد عالم بزرگ قم بر رونق شهر قم می افزوده است. وجود هيت های مذهبی بزرگ و برگزاری مراسم عزاداری و تعزيه به صورت گسترده نوعی مرکزيت به قم داده بود که در کنار تهران در اين امور سرمشقی بود برای شهرهای ديگر. وجود آستانه مقدس حضرت معصومه (عليها السلام) نيز بر توجه شاهان قاجاری به قم افزوده بود.

يکی از دوران هايی درخشان آستانه مقدسه در دوران فتحعلی شاه است . شايد بتوان گفت در سير تاريخی توجه به آستانه مقدسه دو مورد درخشان وجود دارد يکی قرن ششم هجری است و ديگری دوران فتحعلی شاه است . آثار اين شاه قاجار در خدمت به آستانه مقدسه کم نظير است. توجه زياد وی به قم باعث شد ويرانی ها و خرابی های ناشی از حمله افغان ها و چپاول ابراهيم خان ابدالی و حمله و محاصره آقا محمد خان قاجار بر طرف شود و قم دوباره رو به آبادانی بگذارد. وی در آغاز سلطنت خود نذر نموده بود که مبلغ يک صد هزار تومان در تجديد بنا و آراستن آستانه مقدسه صرف کند و به همين علت در همان اوايل طلا کاری گنبد مطهر ، دو در طلا ، بنای صحن عتيق و گلدسته زرين آن ، بنای مسجد بالاسر، تعمير مدرسه فيضيه ، ساخت دار الشفا، تجديد تزيين حرم و ايوان شمالی، آغاز تزيين همين ايوان و آينه کاری حرم را شروع کرد. موقوفات متعدد وی باعث رونق آستانه مقدسه بوده است. ده سر تومن فراهان را در رمضان 1244 و هفت نسخه مصحف شريف در 19 رمضان 1216 از موقوفات وی بر آستانه مقدسه بوده است . افزون بر آن وی قنديلی در اواخر شوال سال 1242 به وزن هزار و دويست مثقال طلای ناب و مزيين به انواع آلات زينتی وقف حرم مطهر کرده که همان زمان قيمت آن پنج هزار تومان بوده است. به هر حال اين دوران مقدمه ای بود برای ورود قم به دوران معاصر. مطالبی که در پی می آيد مربوط به اين دوران است.

تغيير بافت جمعيتی

اولين چيزی که در اين دوران به چشم می خورد تغيير بافت جمعيتی شهر قم است. به دلايل سياسی- امنيتی بافت شهر قم در دوران قاجار به هم می خورد. مهاجرت طوايف مختلف و يا کوچ اجباری آن ها به قم عامل اين تغيير و تحول است. حکومت قاجاری دراين دوران چند طايفه را به اجبار به شهر قم کوچ داد که طی چند سال جايگاه ثابتی در شهر پيدا کردند و به صورت بوميان محلی درآمدند. اکنون اين طوايف هر کدام جمعيت زيادی را تشکيل داده اند و از جمله عوامل مهم و تاثير گذار بر امور شهر قم هستند و از خانواده های اصيل و ريشه دار به حساب می آيند. طوايفی که به قم آمدند يا به اجبار آورده شدند عبارتند از :

1. عشاير بيگلر که ابتدا در سواحل آسيای صغير می زيستند و پس از تيموريان به اصفهان آمدند و در دوره صفويه دارای مناصب عمده ای شدند و در فتنه افغان از اصفهان به کاشان آمدند و در زمان کريم خان زند به قم کوچ داده شدند.

2. ايل سعد وند: در زمان محمد شاه قاجار آنان را از فارس به مشرق قم کوچ دادند.

3. عشاير گايينی: آنان را در شمال قم سکونت دادند. گايينی ها درابتدا عهده دار امور حمل و نقل و ديوانی از راه شترداری بودند و سپس با ميل خود از اين شغل استعفا کردند و يک باره به زراعت و گله داری پرداختند. مراتع گايينی ها در امتداد رودخانه ساوه و نزديک مراتع شاهسون ها بود و از اين رهگذر مرتب بين آنان و شاهسون ها نزاع رخ می داد.

4. عشاير عبد الملکی: در زمان قاجاريه از فارس به قم آمدند و مراتع جنوب قم را به دست آوردند.غالب آنان شتربان يا فراش حکومت بودند.

5. هفت طايفه ديگر در دوره قاجاريه از فارس به قم آمدند که به تدريج شتر و گوسفند و مراتعی در قم به دست آوردند.

6. از کرمانشاه عشاير شينی و کرزه ( کرزه بر ) به قم آمدند.

7. گذشته از عشاير مزبور طوايف و عشاير ديگری در زمان مختلف از اطراف به قم آمدند و آن جا را وطن ساختند و امروز جزء مردم قم به حساب می آيند. از قبيل زند ، زند وکيلی ( که از خاندان های معروف قم هستند ) کلهر، شاهسون، لک کرزه بر ، کله کو،عرب ميش مست و بغدادی و ترکمان.

محله های قم در اين دوران

محله اول محله آستانه است . بقعه حضرت معصومه و شهرداری خيابان حضرتی که ابتدای آن دروازه خاک فرج است و انتهای آن دار الشفا است و خيابان پايين که ابتدای آن درب مسجد امام و انتهای آن آب انبار سيد عرب و کوچه حرم که ابتدای آن صحن جديد امين السلطانی است و انتهای آن کوچه ارک و محوطه کوچه ارک و بازارچه سلام گاه و خانه های متولی باشی از اين محله به حساب می آيد.

محله دوم محله عشق علی است . ابتدای آن يخچال قاضی است و انتهای آن مدرسه لک ها کوچه باغ قاضی و کوچه سنگ تراش ها و کوچه درويش ها و کوچه لب چال و حمام گلشن و کاروانسرای بزاز ها که در بازار بزرگ است و کوچه ترقی ها که تا محله چاله عربستان است.

محله سوم محله الونديه است ابتدای آن کوچه باغ رييس کمال آب انبار حاجی ملا محمد کزازی و انتهای آن کوچه لب چال و کوچه ميدان مير و محراب حضرت معصومه که جنب تکيه ميدان مير است و گذر گنجی و گذر قاضی و مدرسه مرحوم حاجی ملا محمد صادق داخل اين محله است.

محله چهارم محله چهار مردان است. ابتدای آن باغچه کلاه مال ها و گذر قلعه است و انتهای آن بقعه امامزاده شاه حمزه و ميدان کهنه است . محله پنجه علی و کوچه لک ها و کوچه سلطان شريف و مسجد سينی و بقعه شاهزاده زيد داخل اين محله است.

محله پنجم محله سيدان است. ابتدای آن کوچه لب خندان سلطان شريف است و انتهای آن آب انبار ميرزا ابوطالب و بقعه امامزاده حمزه بن موسی و ميدان شاهزاده حمزه ميدان کهنه و دو منار واقعه در درب مدرسه غياثيه جنب ميدان کهنه داخل در اين محله است.

محله ششم محله سنگ بند است ابتدای آن بقعه شاه احمد قاسم و کوچه تالار و باغ غياث آباد است و انتهای آن آب انبار حاجی خسن نزديک چهل اختران است. کوچه تالار و مسجد امام زين العابدين و مدرسه مومنيه و گذر سفيد آب داخل اين محله است.

محله هفتم محله موسويان است. ابتدای آن گذر سنگ سياه و انتهای آن دروازه ری و باره شهر است. کوچه سنگ سياه و گذر تقی بيک و کوچه پای درخت پير و بقعه موسی مبرقع و بقعه چهل اختران و کوچه دولت خانه و کوچه رضا آباد داخل اين محله است.

محله هشتم محله مسجد جامع است. ابتدای آن ميدان کهنه وسط شهر و انتهای آن دروازه ری است. بازار کهنه و گذر لاچين بيک و مسجد جامع ومدرسه ناصری داخل اين محله است.

محله نهم محله باغ پنبه است که ابتدای آن چاله خروس و انتهای آن باغ شاه خالصه است.

محله دهم محله اسحاقيه است. ابتدای آن درب دروازه خاک فرج است وانتهای آن چاله خروس و باجک است . کذر کولی خان ، بازار مسگر ها و حمام چاله و کوچه جوی پاها داخل اين محله است.

بناهای تاريخی اين دوران

مدرسه دار الشفا

بنای دار الشفا در شمال مدرسه فيضيه از فتحعلی شاه قاجار است که نخست به عنوان بيمارستانی برای آستانه ساخته شده و سپس به شکل مدرسه درآمده است. فتحعلی شاه برای اين بيمارستان حقوق ساليانه ای قرار داده بود که جراح و طبيبی در آن به طور رايگان زوار و غريبان آستانه مقدسه را معالجه کنند.

مدرسه حاجی

ميرزا آقا خان نوری صدر اعظم در دوران حکومت فرزندش ذو الفقار خان در قم مدرسه و مسجدی در کوی قاضی نزديک ميدان مير اين شهر برای حاجی ملا محمد صادق قمی روحانی بزرگ آن دوره قم بنياد نهاد.

آب انبار ها

قديم ترين آب انبار قم توسط سارو تقی در سال 1055 ساخته شده است و پس از آن نيز آب انبار هايی ساخته شده است که در دوره ناصری به بعد است و قديم ترين آن ها آب انبار سردار بوده که در تاريخ 1262 ساخته شده و پس از آن آب انبار برابر مدرسه رضويه در بازار کهنه است که در سال 1266 ساخته شده است.

صحن عتيق

اين صحن توسط فتحعلی شاه قاجار جايگزين دو صحن کوچک دوره صفوی شد. در ضلع جنوبی اين صحن ، ايوان طلا و ايوان های سوی آن و در سه جانب ديگر شانزده بقعه از جمله مقابر دو پادشاه قاجا ر قرار دارد . گرداگرد صحن عتيق و پيشانی ايوان های بقاع کاشی کاری نو است و کتيبه نو بنيان فراز آن گرداگرد قصيده ناطق اصفهانی است که به مناسبت تذهيب گنبد در سال 1218 سروده شده است.

پل علی خانی

اساس بنای اين پل در دوره صفوی بوده است که در سال 1292 علی خان سنقری ريش بلند نايب الحکومه قم چشمه های پيشين پل را برداشته و بر جای آن چشمه هايی جديد ساخت.

مدرسه فيضيه

بنای کنونی مدرسه فيضيه در شمال صحن عتيق از آثار دوره قاجاريه است. اين مدرسه از بناهای بسيا ر قديمی قم است که در سال 1213 فتحعلی شاه قاجار بنای پيشين را برداشت و بنای کنونی را بر جای آن بنا نهاد.

ايوان شمالی صحن عتيق

اين ايوان با سقف مقرنس و بدنه گچی ساده وکاشی کاری در پيشانی و جرزها و کتيبه ای در کمربند بنا همه از دوره قاجار است و روبه روی ايوان طلا قرار دارد.

صحن نو

صحن نو و بزرگ آستانه مقدس در شرق حرم مطهر از بناهای ميرزا علی اصغر خان امين السلطان اتابک است. گرداگرد اين صحن سی و چند بقعه کوچک و بزرگ بنا شده است که مهم ترين آن ها بقعه مدفن خود اتابک است.